墨尔本大学最早是由审计长以及财务部部长修·切尔德斯（Hugh Childers）在1852年11月4号的初次预算演讲上提出建立的。他个人也投资了10000英镑去修建这所大学（当时是笔大钱），1853年1月22号墨尔本大学正式立法成立，并被立法授权以授予文学、医学、法学和音乐学的学位。这次立法同时也提供给墨尔本大学9000英镑的拨款。同一年大学还获得了另外20000英镑的拨款用于学校建筑的建设。第一块奠基石落在1854年7月3号，和维州图书馆同天完成。1855年大学正式开始授课，当时仅有3名教授和6名学生。最终6名学生中有四人顺利毕业。

　　在大学的早期，建筑了大量的哥特式复兴建筑。早期的著名建筑师包括墨尔本的约瑟夫·里德（Joseph Reed），他负责设计了校园内大部分的早期建筑，这种建筑风格到1930年被废除，而换上了新的房屋式风格建筑，造成了大学今日混合式建筑风格的缘由。

　　墨尔本大学的建立很大程度归功于因维多利亚淘金潮而迅速发展的地区经历。最早建设这所大学目的是给极速增长的新移民人口提供获得教育的机会。当时它被指定修在修道院附近并且没有提供神学方面的学位——教会只能将学校修建在北部的周界。早期，学校的教授们热衷于经典文学和哲学这类欧洲传统学科的研究和授课，而墨尔本的居民们则表示他们更需要那些符合城市建设发展的大背景所需要的课程，比如法学。最终居民们的意见获得了采纳，墨尔本大学的法学院在1857年正式开课，而工程学院和医学院也在1860年开始了他们的使命，而这三个学院，无一不成为了墨尔本大学扬名世界的中流砥柱。

　　1881年，墨尔本大学接受了第一名女学生（同年悉尼大学也接受了第一名女学生），这对于在保守文化统治下的维多利亚州的居民来说是一个意义深远的胜利，而墨尔本大学也成为了当时世界上为数不多的接受女大学生的大学。再接下来的数十年裏，学校的声誉和规模都获得了客观的增长，但是关于学校未来的方向问题，学校内部却也产生了很多争论，最后在皇家委员会的推荐下，学校建立了新的资金管理结构，并开设了新的学科比如农学和教育学。